После копирования разделов с помощью gparted необходимо установить загрузчик. Делается это из консоли gparted так:
# sudo mount /dev/sda1 /mnt
# sudo grub-install --root-directory=/mnt /dev/sdaгде:
sda1 - раздел в который установлен загрузчик.
sda - диск куда копировались разделы.