parmentf/README.md

## README.md

      
    Raw
  

              README.md
            
          
    Extraction de fichiers

Ce script est destiné à extraire de plusieurs .zip contenant un répertoire
avec des notices, dont les fichiers contiennent l'identifiant, les notices dont
les identifiants sont donnés dans un fichier d'identifiants.
Structure des fichiers d'entrée

$ unzip -l crossref-2017.zip
Archive:  crossref-2017.zip
  Length      Date    Time    Name
---------  ---------- -----   ----
        0  2019-01-30 14:12   2017/
     6874  2019-01-30 13:31   2017/10.1016_j.bulcan.2017.05.002.xml
     3673  2019-01-30 12:43   2017/10.2217_fon-2016-0441.xml
     2931  2019-01-30 13:57   2017/10.1016_j.actpha.2017.07.001.xml
    18155  2019-01-30 13:29   2017/10.1084_jem.20170229.xml
...
    10096  2019-01-30 12:42   2017/10.1093_jac_dkw437.xml
     2318  2019-01-30 14:05   2017/10.4000_insitu.15606.xml
    35323  2019-01-30 14:01   2017/10.1186_s12885-017-3794-3.xml
    19636  2019-01-30 13:58   2017/10.1073_pnas.1703790114.xml
---------                     -------
1604000585                     93072 files
Tous les fichiers d'entrées doivent avoir un début de nom de fichier en commun
(ex: crossref-2017.zip, crossref-2016.zip, où crossref est en commun).
En effet, c'est ce début commun qui formera le début du nom du fichier
résultant.
Par exemple, il vaut mieux utiliser crossref que crossref-201 comme premier
paramètre de la commande, car crossref produire un fichier
crossref_extrait.zip alors que crossref-201 (donné par la complétion de
bash) donnerait crossref-201_extrait.zip (moins compréhensible humainement).
Usage

On donne en premier paramètre une partie commune au début de tous les fichiers
.zip dans lesquels on va chercher les notices.
En deuxième paramètre, on donne le nom du fichier texte qui contient les
identifiants (partie discrimante des noms des fichiers à extraire), en en
mettant un par ligne.
$ ./extrait.sh hal hal_428.txt
$ ll -h hal_*
-rw-rw-r-- 1 parmentf parmentf 5,6K déc.  13 14:41 hal_428.txt
-rw-r--r-- 1 parmentf parmentf 1,2M déc.  13 15:32 hal_extrait.zip

  
## extrait.sh
#!/usr/bin/env bash

if [ $# -ne 2 ]
then
    echo "Mauvais nombre d'arguments."
    echo
    echo "Usage: ${0} débutDeFichiersZip fichierIdentifiants.txt"
    echo "   Les fichiers zip doivent contenir un répertoire."
    echo
    echo "Exemple: ${0} FICHIERS_TEI_CROSSREF_ARTICLES crossref_371.txt"
    echo
    exit 1
fi

inputFilesBeginning=$1
identifiers=$2

for inputFile in ${inputFilesBeginning}*.zip
do
    # On extrait les chemins des fichiers d'après les identifiants
    files=$(
        unzip -l  "${inputFile}" | \
        grep -f "${identifiers}" | \
        cut -c31-                | \
        xargs echo
    )

    # On dézippe chaque fichier extrait
    for file in $files
    do
        unzip -q "$inputFile" "$file"
    done

    outputDir=$(
        echo "$files" | \
        cut -d'/' -f1
    )

    outputFile="${inputFilesBeginning}_extrait.zip"

    # On ajoute le répertoire du fichier d'entrée contenant les fichiers à
    # extraire dans le zip de sortie
    zip -qr "$outputFile" "$outputDir"

    rm -rf "$outputDir"
done
	#!/usr/bin/env bash

	if [ $# -ne 2 ]
	then
	echo "Mauvais nombre d'arguments."
	echo
	echo "Usage: ${0} débutDeFichiersZip fichierIdentifiants.txt"
	echo " Les fichiers zip doivent contenir un répertoire."
	echo
	echo "Exemple: ${0} FICHIERS_TEI_CROSSREF_ARTICLES crossref_371.txt"
	echo
	exit 1
	fi

	inputFilesBeginning=$1
	identifiers=$2

	for inputFile in ${inputFilesBeginning}*.zip
	do
	# On extrait les chemins des fichiers d'après les identifiants
	files=$(
	unzip -l "${inputFile}" \| \
	grep -f "${identifiers}" \| \
	cut -c31- \| \
	xargs echo
	)

	# On dézippe chaque fichier extrait
	for file in $files
	do
	unzip -q "$inputFile" "$file"
	done

	outputDir=$(
	echo "$files" \| \
	cut -d'/' -f1
	)

	outputFile="${inputFilesBeginning}_extrait.zip"

	# On ajoute le répertoire du fichier d'entrée contenant les fichiers à
	# extraire dans le zip de sortie
	zip -qr "$outputFile" "$outputDir"

	rm -rf "$outputDir"
	done
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