Se entendi corretamente, o problema é o seguinte: Um determinado contribuidor pode, no momento da elaboração do documento, estar afiliado a uma ou mais instituições, e todas devem ser devidamente identificadas com um determinado nível de detalhe. Além disso, o crédito (estou chamando de crédito a frase formatada em que aparece a afiliação no PDF ou versão impressa) deve ser preservado e vinculado com o contribuidor.
#1 - Usar aff-alternatives (logo eu percebi que é uma má idéia.. pois alternativas devem ser equivalentes, e não é o caso):
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<surname>Soares</surname>
<given-names>Ana Cristina Fontenele</given-names>
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...
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<aff><label>1</label>Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), Universidade de São Paulo, São Paulo, SP, Brazil</aff>
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<country country="BR">Brazil</country>
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#2 - Crédito como algo isento de significado, e aff apenas para significado:
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<surname>Soares</surname>
<given-names>Ana Cristina Fontenele</given-names>
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<xref ref-type="aff" rid="aff2"/>
<author-comment content-type="aff">Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), Universidade de São Paulo, São Paulo, SP, Brazil</author-comment>
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<country country="BR">Brazil</country>
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@gustavofonseca Desculpe, eu acabei validando o arquivo errado..
De qualquer forma, eu validei agora no documento correto e o resultado foi positivo. Envio por email a imagem de como aparece no previewer do PMC.