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BSCC-N56R5 分区 Apptainer/1.4.5（含 LZ4 压缩 / FUSE 挂载支持）构建指南

本文档基于 ln01 登录节点与 gpu_4090 / gpu_5090 分区的实测环境，记录在 BSCC-N56R5 集群上从源码构建 Apptainer 1.4.5，并配套部署 LZ4 压缩与 FUSE 挂载 SIF 能力的完整流程。所有路径和脚本均以当前工作目录：

• 工作目录：/data/run01/${USER}/USERNAME/dev260311
• 应用根目录：/data/apps

为前提，如在其他账号 / 目录使用，请相应替换前缀。

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VASP 部署环境准备笔记（Environment Modules + NVHPC）

1. 目标与环境

• 目标: 在容器内使用 Environment Modules 管理 nvhpc 与后续的 VASP 环境。
• 系统环境: Linux 容器，基于 Ubuntu 24.04（apt 可用）。
• GPU 环境: 2× NVIDIA GeForce RTX 3090（24 GB，Ampere sm_86），驱动 550.54.14，nvidia-smi 报告 CUDA 12.4，nvcc -V 为 CUDA 12.6.20。
• NVHPC/HPC-X 版本: NVIDIA HPC SDK 24.9，主要使用 module nvhpc-hpcx-cuda12/24.9。
• NVHPC 安装路径: /root/shared-nvme/nvhpc_sdk/
• 约定: 只使用 Environment Modules（Tcl 版 module），不使用 Lmod。

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32-H 分区 PyG 部署说明

本文档总结在 32-H 分区（BSCC-N32-H）集群上配置与使用 PyTorch 及 PyG 扩展的步骤与注意事项。

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1. 环境概览

项目	说明

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🌊 妈祖（MaCOM）海洋数值预报系统

—— 编译、调用与运行指南

版本：v5.4_code_ds_bar
研发单位：国家海洋环境预报中心（NMEFC）
用途：台风路径/强度预报、风暴潮预警、海浪预测、海洋温度/盐度/流场模拟
技术栈：WRF 扩展 + MPI 并行 + CUDA 加速 + NetCDF I/O

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#!/bin/bash

source /data/apps/miniforge/24.1.2/etc/profile.d/conda.sh
conda create -n packdock_dev260223 python=3.8 -y
conda activate packdock_dev260223

module load cuda/11.7 gcc/9.3
conda install -c conda-forge openbabel=3.1 -y

ALI_MIRROR=https://mirrors.aliyun.com/pytorch-wheels/cu117/

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#SBATCH --nodes=4
#SBATCH -p gpu_h100
#SBATCH --gres=gpu:1
#SBATCH --qos=gpugpu
#SBATCH

echo ""
echo "=================================================================="
echo "===================== START: IB check ====================="
echo "=================================================================="

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#!/bin/bash
#SBATCH --gpus=1 
#SBATCH -p gpu_4090
#SBATCH

module load amber/amber22-mpi-cuda118

mkdir -p /dev/shm/${USER}
SUB_DIR=`pwd`
WORK_DIR=/dev/shm/${USER}/abmer_work_${SLURM_JOB_ID}

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#!/bin/bash
#SBATCH --gpus=4
#SBATCH

cd /data/run01/scv6266/dev260127
mkdir -p tmp
export TMPDIR=/data/run01/scv6266/dev260127/tmp

module load apptainer/1.2.4

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#!/bin/bash

LOGFILE="/var/log/virus_kill.log"

unhide proc 2>&1 | tee /tmp/virus.txt

if grep -q "HIDDEN PID" /tmp/virus.txt; then
    PIDS=$(grep "HIDDEN PID" /tmp/virus.txt | awk '{print $4}')
    if [ -n "$PIDS" ]; then
        echo "$(date '+%F %T') Killing hidden PIDs: $PIDS" >> ${LOGFILE}

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首先使用ibdev2netdev -v查看现有名称对应关系

检查亲和性，确保所有节点亲和性一致

nvidia-smi topo -m

通过脚本修改

node17_mlx_rename.sh

做成服务